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加州大学Davis分校100K基因组计划

核心提示: Pacific Biosciences公司宣布加州大学Davis分校的研究人员将使用PacBio RS测序仪来进行100K基因组计划,该计划旨在测序100,000种食源性致病菌的基因组。

中国生物产业网www.cnbioindustry.cn】2013年1月15日讯  Pacific Biosciences公司宣布加州大学Davis分校的研究人员将使用PacBio RS测序仪来进行100K基因组计划,该计划旨在测序100,000种食源性致病菌的基因组。

加州大学Davis分校的研究人员将使用这种单分子实时技术,对包括沙门氏菌、弯曲杆菌、大肠杆菌、弧菌和李斯特菌在内的一千多种致病菌样本进行基因组测序,以探明这些致病菌的表观基因组。“长读长、高度一致的精确性、以及对GC含量或基因组序列无测序偏好,这些特点使SMRT测序技术能够以无预先假设(hypothesis-free)无偏向性的方式构建完成基因组,”PacBio公司CSO Jonas Korlach在声明中称。

新一代测序虽然速度快产量高,但固有的短读长和偏向性使得过往微生物de novo 测序结果出现许多难以填补的“洞”(空缺),得不到完整的基因组序列。近期发表的研究显示,PacBio公司SMRT测序生成的长读长能够有效进行细菌基因组和表观基因组分析,包括对德国大肠杆菌疫情和海地霍乱菌株的遗传学分析。

“如果没有一个de novo从头测序和基因组装配的途径,就很难检测微生物基因组的变异,这包括结构变异以及可移动元件、噬菌体或质粒的获取和丢失。而微生物基因组的变异对于食品安全又有很重要的影响,因此我们很需要进行100K基因组计划这样规模的研究。” Weimer解释道。

“SMRT测序技术生成的完成基因组将对这一数据库做出宝贵的贡献,为人们提供更多的生物学信息,帮助人们发现新的生物学指标,并为食源性致病菌检测提供参考基因组。” 加州大学Davis分校的Bart Weimer教授补充道,他也是100K基因组计划的主管。

100K基因组项目是去年由加州大学Davis分校、安捷伦公司和FDA共同发起的,旨在通过基因组测序与分析建立一个公开的致病菌遗传学数据库,来应对食品安全问题引发的忧虑。OpGen 也于十二月成为该项目的成员。PacBio公司将为这一计划提供技术指导、培训和相应支持。

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编辑:Cassie.D

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