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2012年最吸引眼球的数字PCR

核心提示:在PCR方面,2012年最吸引眼球的当属数字PCR了吧。这一技术频繁出现在各大杂志上,也获奖无数。新的平台不断出现,为古老的PCR领域注入了新的活力。今年有哪些新产品上市,它们又应用在哪些方面,且看本文。

  【中国生物产业网www.cnbioindustry.cn】2012年12月17日讯  在PCR方面,2012年最吸引眼球的当属数字PCR了吧。这一技术频繁出现在各大杂志上,也获奖无数。新的平台不断出现,为古老的PCR领域注入了新的活力。今年有哪些新产品上市,它们又应用在哪些方面,且看本文。

  数字PCR

  随着近两年新平台的不断上市,数字PCR这个概念近来有点火。据估计,数字PCR的复合年均增长率将达90%,有望从2011年的1000万美元增长到2016年的2.5亿美元,可有点猛啊。数字PCR的近亲是定量PCR,两者都能够估计起始样品中的核酸量,但它们有一个重要的区别。定量PCR是依靠标准曲线或参照基因来测定核酸量,而dPCR则让你能够直接数出DNA分子的个数,是对起始样品的绝对定量。

  数字PCR使用与qPCR相同的引物和探针,但具有更高的灵敏度和准确性。通常来说,qPCR无法分辨2倍以下的基因表达差异或拷贝数变异,鉴定频率低于1%的等位基因也很困难。相比之下,dPCR能测定30%或以下的基因表达差异,区分变异体到底是五个拷贝还是六个拷贝,还能鉴定频率在千分之一的等位基因。听上去是不是更强大?

  我们在3月份介绍了市场上三大数字PCR平台,它们分别来自Fluidigm、Life Technologies和Bio-Rad。一个月之后,数字PCR的阵营再次扩大。美国RainDance Technologies公司推出了RainDrop™ 数字PCR系统。基于RainDance专利的RainStorm™ 微液滴(picodroplet)技术,RainDrop系统在每个通道能产生100-1000万个皮升大小的液滴,大大超过其他数字PCR系统。

  数字PCR在临床研究中的重要性也凸显。Sangamo BioSciences公司的研究人员就将Bio-Rad的QX100微滴式数字PCR系统应用于HIV功能疗法的开发。在两个独立的低拷贝数分析中,实时定量PCR结果显示差异为十倍,让人难以确定数据究竟是实验差异,还是生物学现实。而有了ddPCR技术,结果显示差异为两倍。“这才是我们真正信赖的数据。”

  定量PCR

  定量PCR虽不像数字PCR那样新品辈出,引人关注,但也还是有看头的。罗氏的LightCycler®家族又添了新成员—LightCycler® 96实时荧光定量PCR仪。全新研发的光路系统,带您彻底告别边缘效应;广受好评的银质反应模块,带来极度均一的温控效果。Bio-Rad公司近日也推出新的CFX96 Touch深孔板定量PCR检测系统,使反应体积最高可达125 µl。

  SYBR Green法实时定量PCR比探针法成本低,使用也更为方便。不过该方法也存在与生俱来的弊端,SYBR Green法产生的非特异性产物较多,会导致高背景和假阳性。如何优化?请看SYBR法实时定量PCR优化指南。

  多重PCR能够在提高通量的同时节省样品降低成本,它需要耗费更多的时间和精力,同时也会给用户回报更丰富的数据。我们介绍了一些实验技巧和商业化工具,帮助您攻克多重PCR之难。

  试剂

  在PCR试剂方面,New England Biolabs(NEB)公司推出了一种性能强劲的DNA聚合酶——Q5超保真DNA聚合酶。它不仅带来了极为出色的保真度,还确保了各种扩增子的可靠扩增,而无论其GC含量如何。这种酶适合SNP检测、基因功能研究等应用,尤其适合新一代测序,因为文库制备时的任何偏向都会带来序列拼接的困难,甚至是序列丢失。

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编辑:Cassie.D

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